A região onde está localizado o Recanto Ecológico Rio da Prata faz parte do grande bioma do Cerrado.  Assim, a fauna encontrada é aquela típica deste tipo de ambiente aberto e com vegetação baixa nos campos, destacando-se o lobo-guará, tamanduá-bandeira, lobinho, arara-vermelha, tucano-toco, bem-te-vi,  gavião-fumaça, urubu-rei,  seriema, carcará, lagarto-teiú, entre outros. Já nos cerradões e nas matas ciliares (vegetação ocorrente nas margens dos rios),  encontraremos o macaco-prego, bugio, tamanduá-mirim, cotia, queixadas, catetos, jaguatiricas, udu, surucuá, mutum-de-penacho, jacutinga, pica-pau, calango. Por fim, quando entramos nas águas cristalinas da região, podemos conhecer as piraputangas, dourados, pintados, pacus, corimbas, sucuris, jacarés-de-papo-amarelo, lontras e ariranhas, além das aves que estão sempre procurando comida nas margens do rio ou mesmo pescando, como o biguá, martim-pescador e o japacanim. Sem contar os pequenos animais como sapos, rãs, aranhas, borboletas, abelhas, formigas, cupins, gafanhotos, bichos-pau, caranguejos, caramujos  e tantos outros que encontramos pelas trilhas e rios! 

A fauna exerce importante papel na manutenção das matas e rios da região, pois muitos animais são polinizadores e dispersores de sementes, outros se alimentam de matéria morta, reciclando os nutrientes e revolvendo o solo. A conservação deste ambiente depende também da proteção de nossa fauna, por isso durante sua visita no Recanto Ecológico Rio da Prata, o visitante recebe informações sobre a natureza e os animais que vai encontrar pelo caminho! 

Até o momento são conhecidos pelo menos 22 espécies de mamíferos não voadores, 164 aves,  13 répteis, 17 anfíbios e 37 espécies de peixe no Recanto Ecológico Rio da Prata. Alguns dos animais que ocorrem na região estão na lista do IBAMA de fauna ameaçada de extinção.  

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